医療法人化の節税は確定申告後が狙い目！歯科医の概算経費戦略

こんにちは、島田（つぶやきはこちら）です。

個人医院の先生は確定申告が終わり、ひと息ついているところかもしれません。

が、今こそ、医療法人化を本格的に検討すべき最良のタイミングなのです。

なぜなら、1年間の収益構造と課税関係がもっとも鮮明に「見えている」のが確定申告直後だからです。

今回は、「医療法人設立一期目だけに使える節税の大きなメリット」について、詳しく解説していきます。

着手が年の早い時期であればあるほど恩恵を受けられるので、読まれた方はぜひ動き出してください。

目玉は「概算経費の特例」

まず前提となる制度を確認しましょう。

今回の目玉となる「概算経費の特例」とは、医療機関特有の税制で、正式名称は「社会保険診療報酬の所得計算の特例」といいます。

通常、課税所得を計算する際は実際に発生した経費（実額経費）を集計して収入から控除します。でも、この特例を使うと、実際の経費がいくらであるかに関係なく、社会保険診療報酬に一定の概算経費率を乗じた金額を経費として算入できます。

実際の経費より概算経費額のほうが大きければ、その差額分だけ課税所得を圧縮できる——これが節税のポイントです。

また隠れたポイントとして日々の経理がラクになるメリットということもあります（あくまで課税所得を計算するためだけなら）。

概算経費の速算表

年間の社会保険診療報酬	概算経費額
2,500万円以下	診療報酬 × 72%
2,500万円超〜3,000万円以下	診療報酬 × 70% + 50万円
3,000万円超〜4,000万円以下	診療報酬 × 62% + 290万円
4,000万円超〜5,000万円以下	診療報酬 × 57% + 490万円

たとえば、年間の社会保険診療報酬が4,500万円だとすると、概算経費額は4,500万円× 57% + 490万円＝3,055万円になります。

実際の経費がこれより少なければその差額×実効税率分が節税できるということです。

適用要件（個人・法人共通）

• 社会保険診療報酬が年間5,000万円以下であること
• 自由診療を含めた総収入金額が年間7,000万円以下であること

この特例は、個人開業医（歯科医師）には「租税特別措置法第26条」が、医療法人には「租税特別措置法第67条」が適用されます。ちなみに、確定申告の際に実際の経費との選択適用が可能です（事前届出不要）。

申告手続き： 個人は「所得税青色申告決算書（一般用）付表（医師及び歯科医師用）」、医療法人は「社会保険診療報酬に係る損金算入に関する明細書」を申告書に添付。

なぜ確定申告後が医療法人化の検討タイミングなのか

医療法人化を検討する際に最も重要なのは、現在の収益構造を正確に把握することです。確定申告直後のこの時期は、以下の数字がすべて手元に揃っています。

• 年間の社会保険診療報酬の実額
• 年間の自由診療収入の実額
• 実際の経費（実額経費）の内訳
• 課税所得と税負担額
• 個人医院時代の院長報酬を含めたキャッシュフロー

これらが揃っている今こそ、「個人のまま続けた場合」と「医療法人化した場合」の税負担をシミュレーションするのに最適なタイミングです。

数字が明確であるほど、シミュレーション精度が高まり、意思決定の質が上がります。

設立一期目だけの「概算経費の二重取り」戦略とは

ここからが今回最も重要なポイントです。

医療法人を設立する際、設立一期目の決算期（事業年度末）をどこに設定するかによって、個人事業主期間と医療法人一期目の両方で概算経費の特例を適用できるケースがあります。

ポイントは「期間を分割することで、それぞれを5,000万円以下に収める」ことです。

年間を通じて見ると社会保険診療報酬が5,000万円を超えてしまうクリニックでも、個人事業主としての期間（1月〜法人移行前）と医療法人一期目の期間に分けることで、それぞれの期間の社会保険診療報酬を5,000万円以下に収められる場合があります。

両方の期間でこの要件を満たせば、個人事業主としての最終期間分は措置法26条で、法人一期目分は措置法67条で、それぞれ概算経費の特例を適用することができます。

税法上の注意： 概算経費の特例は「その年・その事業年度の社会保険診療報酬」に基づき判定します。期間を適切に設計することで、個人・法人のそれぞれの期間が要件を満たす場合、両方で適用できます。

4. 具体的なシミュレーション：月1,200万円クリニックの場合

例として、毎月の社会保険診療報酬が1,200万円（年間1億4,400万円）のクリニックを考えます。

個人事業主OR医療法人で1年間運営した場合

• 年間社会保険診療報酬：1億4,400万円
• → 5,000万円の上限を超えるため、概算経費の特例は適用不可

医療法人を「8月決算」で設立した場合

• 個人事業主期間：1月〜4月（4ヶ月分 = 約4,800万円）→ 措置法26条 適用可
• 医療法人一期目：5月〜8月（4ヶ月分 = 約4,800万円）→ 措置法67条 適用可

それぞれの期間の社会保険診療報酬が4,800万円ですので、合計8ヶ月分（1年間の3分の2）にわたって概算経費の特例が効く計算となります。

決算書上の利益には影響しない、というメリット

この概算経費の特例の注目すべき点は「税務申告上の課税所得を減らす」ものであり、決算書（財務諸表）上の利益には影響しないということです。

• 税務上の課税所得：概算経費を使って圧縮される（節税効果あり）
• 決算書上の利益：実額経費ベースのまま変わらない（財務健全性を維持）

金融機関が融資審査で参照するのは決算書の数字です。

この特例を適用しても融資審査に使われる財務数値は変わらないため、融資への悪影響がありません。節税と財務健全性を同時に実現できる、非常に合理的な手法になります。

注意点と個別確認が必要なケース

非常に有利に見えるこの戦略ですが、いくつか重要な注意点があります。

医療法人では概算経費が「必ずしも有利」ではない

実は、医療法人の場合、役員報酬の支給や人件費が増えると実額経費が概算経費を上回るケースが多くなります。措置法67条を活用したセミナーや事例では節税効果が強調されがちですが、設立後の安定期にはほとんど適用されない（実額経費が有利）というケースもあります。

特に医療法人設立に際して設備投資や大規模な修繕をする場合は、実額経費が有利になる可能性は高くなるでしょう。

設立一期目の「短い事業年度」では実額経費が少なく、概算経費が有利になりやすいというのが上記戦略のポイントです。ただし、必ず個別にシミュレーションを行って確認してください。

自由診療の割合が高いクリニックは注意が必要

歯科の場合は自由診療収入の割合が高くなります。

そのため社会保険診療報酬が5,000万円以下であっても、自費診療収入を含めた総売上が7,000万円以下にならずに、収入要件に抵触する可能性が高くなります。

地方で開業する保険中心の歯科医院は適用しやすいかもしれませんが、いずれにしろ医院ごとの個別判断が必要です。

ちなみに、概算経費の特例では自由診療に紐づく経費の按分計算が必要になるため、実際の有利不利はもう少し複雑な計算式で判定することになります。

特別償却・税額控除との関係

概算経費の特例を適用している年（事業年度）は、社会保険診療報酬に係る部分について特別償却を経費算入することができません（租税特別措置法施行令第18条）。ただし、一定の医療機器に係る税額控除は適用可能です。

医療法人設立のスケジュールと逆算の重要性

概算経費の二重取りを実現するためには、「狙った決算期に合わせて医療法人設立を完了させる」ことが絶対条件です。

医療法人の設立には都道府県への認可申請が必要であり、申請から認可・登記完了まで一般的に6〜12ヶ月程度かかります（都道府県や時期によって異なります）。

タイムラインの目安： 設立目標から逆算して、最低でも8〜12ヶ月前には税理士・行政書士への相談と準備を開始することが推奨されます。「来年でいいか」という先送りが、この一期目限定のメリットを永遠に失うことに直結します。

まとめ：今動くべき理由

ここまでを整理しましょう。

「医療法人化は考えたことあるけれど、いつ検討を始めればいいのか分からない」と感じていた方はぜひこの機会に行動をはじめてみてください。

「実際うちの医院は概算経費の特例を適用したほうがいいの？医療法人化したほうがいいの？」という疑問がある方はLINEからお問い合わせをいただければ、対応させていただきます。

【免責事項】本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務・法務アドバイスではありません。個別の案件については必ず税理士等の専門家にご相談ください。税法は改正される場合があります。